Đầu sự nghiệp

Grygera khởi nghiệp chơi bóng tại Petra Drnovice trước khi chuyển sang thi đấu cho câu lạc bộ Sparta Prague.[7]

Ajax

Tháng 7 năm 2003, anh được câu lạc bộ Ajax của Hà Lan ký hợp đồng với một mức phí không được tiết lộ, được cho là rơi vào khoảng 3,5 triệu euro.[8] Anh có bàn thắng đầu tiên cho câu lạc bộ vào tháng 9 năm 2004, trong trận thắng hủy diệt 5–0 trong chuyến làm khách của Den Bosch. Anh sớm trở thành người hùng của các cổ động viên, đặc biệt là sau khi ghi bàn vào lưới đối thủ kỵ dơ Feyenoord ở trận 'Klassieker vào tháng 4.[9]

Juventus

Ngày 10 tháng 1 năm 2007, giám đốc kĩ thuật của Ajax là ông Martin van Geel xác nhận rằng Grygera sẽ chuyển đến Juventus theo dạng chuyển nhượng Bosman khi hợp đồng của anh với Ajax đáo hạn vào tháng 6 năm 2007. Thương vụ chuyển nhượng được cho là diễn ra sau giải vô địch bóng đá thế giới 2006, nhưng vụ bê bối Calciopoli đã ngăn vụ chuyển nhượng diễn ra.[10] Anh bày tỏ sự hào hứng với cơ hội với một trong những đồng đội ở tuyển Séc là Pavel Nedvěd. Nhờ có sự đa năng, anh sớm chiếm suất đá chính tại Juventus. Vào tháng 3, anh ghi bàn và sau đó kiến tạo cho David Trezeguet lập công trong chiến thắng 2–0 trước Genoa, đồng thời ghi bàn gỡ hòa cuối trận Derby d'Italia của Juve với đối thủ kình địch Internazionale vào ngày 18 tháng 4 năm 2009.[11]

Fulham

Mùa hè năm 2011, Grygera vẫn còn một năm hợp đồng ký với Juventus, nhưng nó đã bị hủy bởi sự đồng thuận của đôi bên vào ngày 30 tháng 8 năm 2011. ngày hôm sau, anh đầu quân cho câu lạc bộ Fulham của giải bóng đá Ngoại hạng Anh.[12][13] Anh nhận áo số 26 và có trận ra mắt Fulham vào ngày 15 tháng 9 năm 2011 tại UEFA Europa League chạm trán Twente.[14] Grygera bị đứt dây chằng chéo trong một trận đấu tại giải Ngoại hạng gặp Tottenham Hotspur vào ngày 6 tháng 11 năm 2011, làm anh phải nghỉ dưỡng thương cho đến hết mùa.[15]

Hợp đồng của Grygera với Fulham được gia hạn đến cuối mùa giải 2011–12. Huấn luyện viên của Fulham là ông Martin Jol cho hay "Hi vọng là cậu ấy có thể chứng tỏ được mình ngay trước khi hết tháng 8. Nếu cậu ấy chứng minh mình phù hợp tôi sẽ muốn giữ cậu ấy."[16]

Ngày 6 tháng 12 năm 2012, Martin Jol xác nhận rằng Grygera đã quyết định treo giày thay vì tiếp tục chơi bóng.[17]